清理无用代码、合并工具链、修复注释与日志问题

- 删除破损文件: main.py/main.ui/main_ui.py
- 删除 runtime_hook.py（归宿主维护），清除 tools/ 目录
- 合并 export_runtime/pack_zip/verify_companions 到 build_pyd.py
- 修复注释: docstring 参数与实际签名不一致、过时引用、拼写错误
- 修复日志: 消除静默吞异常、删冗余 log+raise、补缺失日志
- 精简 .gitignore

mil/core/manifest.py

@@ -3,7 +3,7 @@
 这是唯一的事实源：
 - build_pyd.py 读 COMPANION_PACKAGES_PYD 决定要编哪些伴生包；
 - build_pyd.py 编译 mil 时用 --include-package 把 COMPANION_PACKAGES_INLINE 编进 mil.pyd；
-- tools/export_runtime.py 读 COMPANION_C_EXTENSIONS 决定要拷哪些 C 扩展。
+- build_pyd.py 导出步骤读 COMPANION_C_EXTENSIONS 决定要拷哪些 C 扩展。
 
 加新伴生包时只动这里，其它脚本自动跟随。
 """